Классификация и характеристика нового антимикробного пептида
АннотацияВ последние годы в исследованиях антимикробных пептидов (AMП) наблюдается значительный прогресс, раскрывающий потенциал этих соединений в качестве альтернатив традиционным антибиотикам. Благодаря разнообразным механизмам действия и широкому спектру противобактериальной активности AMП предоставляют новые возможности для профилактики и лечения инфекций с множественной лекарственной устойчивостью путем создания продуктов питания с антимикробными свойствами, новых противомикробных биологически активных добавок и лекарственных препаратов. Цель работы — создание, характеристика и классификация нового АМП. Для проектирования нового АМП использована протеомная база данных DRAMP, для прогнозирования биологической активности — Peptide Ranker (http:// distilldeep.ucd.ie/PeptideRanker), идентификацию пептида проводили по базе данных EROP-Moscow (http://erop.inbi.ras.ru/index.html), исследование физико-химических свойств — по базам данных APD, DRAMP и PepCalc (http://pepcalc.com). В результате исследований спроектирован новый АМП, состоящий из 11 аминокислотных остатков со следующем процентным содержанием: Val, Ala, Trp, Gly, Pro, Tyr, Glu, His, Lys — по 9 % и Arg — 18 %. Общее гидрофобное соотношение в пептиде, определяемое APD, составляет 27 %, общий чистый заряд равен + 2,25, молекулярная формула — C64H96N21O15S0, потенциал связывания с белками (индекс Бомана) — на уровне 3,44 ккал/моль, пептид может образовывать альфа-спираль. Полученный пептид можно классифицировать как синтезированный катионный гидрофобный альфа-спиральный противомикробный полипептид.