Обсуждаются результаты многолетних (1991—2007) исследований концентраций хлорофилла и биогенных элементов, биомассы и продукции фитопланктона в Куршском заливе. На основе сопоставления с гидрологическими и химическими показателями выделены основные факторы, влияющие на уровень биологической продукции и трофический статус. Температура воды — ключевой фактор, определяющий продукцию и обилие фитопланктона в заливе. Более сильный летний прогрев в 1990—2000-х гг. как возможное следствие климатических изменений в сочетании с рядом факторов (пресноводность, слабая проточность) создает условия для развития Cyanobacteria до уровня «гиперцветения» и обусловливает продолжающееся эвтрофирование залива, несмотря на снижение внешней биогенной нагрузки.